更新时间：2024-03-29 04:43作者：小乐
TCGA有自己的一套工具，ICGC也有自己的网站，但是好的资源一定要整合。集成的越多越好（虽然不一定是这样，但是有这种想法的人不少）。只有利用它们，它们才能发挥更大的作用。方便的。今天推出的UCSC XENA 实现了这一目标。
首先，我来说说UCSC。无论是这个学校还是这个网站，对于生物学和医学领域的研究人员来说并不陌生。
用于数据分析的参考基因组序列、基因注释信息、重复序列信息、区域保护信息和CpG岛信息都可以从UCSC的FTP服务器或TableBrowser获得。当然，您也可以详细阅读ENSEMBLE中的NGS基础知识-参考基因组和基因注释文件。 UCSC 基因组浏览器是基因组测序数据可视化领域的一项里程碑式的工作。精美的图形显示、PDF输出、便捷的在线操作、丰富的控制信息、丰富的公共数据集、独特的多样本Overlay显示等都是其特点。还可以在本地安装UCSC基因组浏览器进行测序数据可视化（三）——UCSC基因组浏览器。随后UCSC Xena隆重亮相。
UCSC Xena功能基因组浏览器是集分析、可视化和Galaxy于一体的新一代在线数据分析和可视化平台。目前，TCGA、ICGC、TARGET、GTEx、CCLE等91个队列的1098个公共数据集已经标准化。因此，可以组合和比较不同的数据集。
热图方法可以显示单基因和多基因的表达、突变、拷贝数变异以及样本属性。对于任何显示的变量（不同表型患者的比较、不同基因表达的比较、突变有无的比较、甲基化水平的变化），都可以进行生存分析，可以绘制KM图，及其对可以计算患者的生存率。影响。热图可以按任何一个变量进行排序，然后查看其他变量的变化。例如，按药物治疗状态排序以查看基因表达或修饰的变化。另外，Xena为ICGC数据门户提供了Chrome扩展，可以将XENA的Heatmap显示添加到ICGC界面，但测试并不成功。
这次我在测试Xena插件的时候，又去ICGC的官网查了一下，网站又更新了。好在变化不算太大，之前的ICGC 数据库和TCGA 数据库在线仍然可以使用。
数据库的使用主要靠你多做操作，仔细阅读，多读文档。不要只是想找到你想要的东西。尤其是刚接触的时候，只要看一本小说，多浏览几页就知道里面有什么。熟悉了几个基本操作、几种常见的数据类型和显示方法后，无论数据库如何修改，操作都是一样的。
XENA提供的这个视频对于熟悉XENA的使用提供了很多帮助。剩下的取决于你想解决什么问题。