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上一期详细介绍了可视化界面和轨迹管理中的常用功能。本期将介绍如何利用UCSC获取基因转录信息，寻找与启动子结合的转录因子。

首先搜索目标基因，进入详情界面。选中图1的框，点击显示图2的页面，最上面是该基因的基本信息和功能描述。整个界面内容显示在Page Index表中，其中包含以下13条信息：

1.工具和数据库的序列和链接（与其他数据库的关系）

2.来自UniProtKB的评论和描述文本（Uniprot网站信息）

3.MalaCards疾病协会（基因与疾病之间的联系）

4. 毒理学比较数据库（CTD，基因与药物/化合物之间的联系）

5.来自GTEx的RNA-Seq表达数据（53个组织中RNA-Seq基因的表达）

6.Microarray Expression Data（基因芯片数据中基因的表达）

7.mRNA Second Structure of 3' and 5' UTRs（基因UTR区二级结构）

8.Protein Domain and Structure信息（蛋白质结构）

9.Orthologous Genes in Other Species（其他物种的同源基因）

10.Gene Ontology (GO) Annotations with Structures Vocabulary（GO注释）

11.来自所有相关GenBank mRNA 的描述（GenBank 中的其他转录本）

12.Biochemical and Signaling Pathways（基因相关信号通路）

13.该基因的其他名称（基因别名）

图1

图2

具体序列可以在序列以及工具和数据库链接部分查询。点击Genomic Sequence后，会出现图3页面。您可以根据需要选择转录起始位点上游、5'UTR、CDS、3'UTR、内含子等区域。查看顺序。您可以在页面底部选择序列呈现方式。使用UCSC查询序列不需要考虑基因转录方向，比ncbi方便。 UCSC 最近还添加了JASPAR 数据库，该数据库可用于查找与感兴趣基因的启动子结合的转录因子。那么小编就简单介绍一下如何操作。

图3

以图1中的人POMC基因为例，首先在图3的页面中选择Promoter/Upstream by xxx 碱基，通常选择上游2000bp作为启动子序列。点击提交即可获取启动子序列和具体位置。

图4

然后在搜索查询部分输入启动子序列位置（图4红框内容），点击go；在轨迹管理部分找到Regulation，将JASPAR Transcription Factors设置为pack或full，点击刷新，页面会更新如图6所示，即显示所有预测可能结合的转录因子。

图5

图6

然后点击想要研究的转录因子，进入详情界面（图7）。该接口包括JASPAR id、结合预测分数、结合位置和长度等。分数范围为1-1000。分数越高，绑定的可能性就越大。

图7

如果想在界面上只显示要研究的转录因子，可以点击图7红框中的链接，然后点击Configure，在弹出的窗口中选择目标转录因子（红框中的内容（如图8），最后点击页面顶部的提交。自动跳转到图9页面。此时，可视化界面会显示指定转录因子的序列，同时也会显示除人类以外的物种。

图8

图9

至此，UCSC网站的介绍就结束了。相信大家对于网站的使用方法已经有了初步的了解。下一期我们将介绍如何使用基因宝库ncbi网站。感兴趣的朋友可以关注一下~

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